파이프 패스 Pythonic Sequence 파일에 대한 Pythonic 액세스
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파이프 패스 설명

Pythonic Sequence 파일에 대한 Pythonic Access. Pyfasta는 Pythonic Sequence Files.usage에 대한 Pythonic Access를 제공하는 라이브러리입니다. .. sourcecode :: python >>> pyfasta 가져 오기 fasta >>> f = fasha ( 'test / data / three_chrs.fasta') >>> 분류 (f.keys ()) >>> F Fastagz ( 'Tests / data / three_chrs.fasta.gz', 0..80) >>> F 'actgactgac' # 색인은 Teh Fasta 파일에서 각 헤더의 시작 및 정지를 저장합니다 >>> f.Index { 'chr3': (160, 3760), 'Chr2': (80, 160), 'Chr1': (0, 80) )} # '기능'사전에 의해 쿼리 할 수 있습니다 >>> f.squence ({ 'chr': 'chr1', 'start': 2, 'stop': 9}) 'ctgactga'# 'ctgactga'# >>> F.Sequence ({ 'chr': 'chr1', 'start': 2, 'stop': 9, 'strand': '-'}) 'tcagtcag'#은 .gz와 .gdx 피클을 만듭니다. FASTA와 색인의 >>> 가져 오기 OS >>> 정렬 (OS.ListDir ( 'Tests / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data / data /') 정리 (실제 사용은 더 빠른 액세스를 위해 남아 있음) >>> OS.UNLINK ( 'TESTS / DATA / THRE_CHRS.FASTA.GDX') >>> os.unlink ( 'test / data / three_chrs.fasta.gz') 요구 사항 : · 파이썬 이 릴리스에서는 새로운 기능 : · 매번 파일을 다시 병합하지 마십시오! · Orginal FASTA의 헤더 전후에 공백을 허용합니다.

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