 | 자아자아는 병렬 분자 역학 프로그램입니다. |
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자아 순위 및 요약
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자아 설명
자아는 병렬 분자 역학 프로그램입니다. EGO는 분자 역학 궤도를 계산하는 프로그램입니다. Parixplorer (Parsytec)와 CC (ParsyTec) 병렬 컴퓨터를 사용하여 PowerSplorer (Parsytec) 및 CC (Parsytec) 병렬 컴퓨터를 사용하는 PowerXplorer (Parsytec) 및 CC (Parsytec)와 CC (Parsytec)를 사용하는 PARIX.TO에서 PVM 및 MPI를 사용하는 대규모 병렬 프로그램으로 실행되는 프로그래밍 언어 C. 자아는 워크 스테이션 클러스터에서 PVM 및 MPI를 사용합니다. -T3D, CRAY-T3E, IBM-SP2 및 기타 병렬 컴퓨터. 추가 EGO는 순차적으로 실행되도록 컴파일 될 수 있으므로 모든 UNIX 워크 스테이션 또는 Windows NT / 95 System에서 실행될 수 있습니다. 우리는 확장 원자로 35,000 원자 이상의 원자를 포함하는 분자 시스템의 궤적을 계산하는 자아를 사용했습니다 (즉, 비극성 수소 특수 원자 유형의 관점에서 또는 명시 적 수소 원자로 암시 적으로 처리됩니다. 자아는 수정 된 맹정 통합 체계를 사용합니다. EGO 로의 입력 파일은 원자 좌표에 대한 Brookhaven Protein 데이터 뱅크 PDB 파일 및 토폴로지 정보를위한 X-Plor 호환 PSF 및 파라미터 상수를위한 매개 변수 파일로 구성됩니다. 모델에 대한 Carm 및 X-Plor와 같은 코드로 진화했습니다. 분자 구조와 기능을 더 잘 이해하기 위해 소형 분자, 단백질 및 핵산의 움직임은 자아 X-Plor와의 기능을 더 잘 이해하기 위해 Macromolecule 구조 결정 및 Biophysics 및 Biochemistry의 부서에서 이제 Axel Branger가 작성한 거대 분자 구조 결정 및 정제를위한보다 광범위한 패키지입니다. 예일 대학에서. X-Plor는 분자 구조 조작 기능 및 분자 역학 (MD) 작업을 위해 EGO의 컴퓨팅 성능을 보완하는 기타 유용한 기능을 갖추고 있습니다. 자아 및 X-Plor 공통 데이터 파일 형식을 공유하는 경우, 공유하는 기능을 이해하는 것이 중요합니다. 그들은 다르다. 그들 사이의보다 자세한 비교는 부록 B.in 분자 역학 계산에 포함되어 있습니다. 분자의 원자의 움직임 방정식은 수치 적 통합에 의해 해결됩니다. 정전기 및 반 디 그레이 밴드 상호 작용은 원자 사이의 비 접합력을 나타내고 (접합 된) 원자 사이의 접합 된 상호 작용은 연신, 비틀림 및 스테아르 성 방사 전위로 표시됩니다. 단거리 력의 계산 노력은 원자 번호 N의 수와 선형을 증가시킵니다. 또한 쿨롱 상호 작용에 의해 야기 된 계산 노력과 비교하여 무시할만큼 충분히 큰 시스템을위한 것입니다.이 엄청난 계산 노력을 줄이기 위해 우리는 빠른 다중 올레 메소드 (FMM)와 다중 타임 스텝을 결합한 방법을 개발했습니다. 쿨롱 상호 작용에 대한 신속 함, 충분히 정확한 평가 방법. FMM은 쿨롱 잠재력의 다중 노력 확장을 기반으로합니다. Space의 계층 적 하위 배전을위한 주어진 순서로 공간의 입방체 하위 분위기를 사용하는 것보다 - 대부분의 구현으로서의 대부분의 구현으로 구조가 적응 된 분해 방법을 선택합니다. ...에 이 방법은 생체 분자의 구조적 및 동적 특징에 대한 지식을 활용하고 계산 노력을 줄이는 데 도움이됩니다. 여러 타임 스텝 방법은 훨씬 분리 된 원자의 영향이 시간이 지남에 따라 천천히 변화한다는 사실을 기반으로합니다. 상호 작용은 덜 자주 평가할 수 있습니다. EGO에서 구현 된 이러한 알고리즘의 조합은 빠른 다중 타임 스텝 구조를 다중극 방식 (FAMUSAMM)을 적응시키는 것으로 부합했다.
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