 | 아스 가드아실은 대사 경로 재구성 소프트웨어입니다. |
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아스 가드 순위 및 요약
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아스 가드 태그
아스 가드 설명
아 실 아스 가드는 신진 대사 경로 재건 소프트웨어입니다. 아 실 아스 드는 신진 대사 경로 재건 소프트웨어이지만 다른 유형의 생물학적 서열 주석 (Go Number, Blast Reports)을 생성합니다. Asgard 도구는 UNIX와 같은 시스템에서 실행되며 SGE 또는 PBS.Asgard를 지원하며 문서가 GNU GPL V.3 및 GNU FDL V. 1.2에서 해제됩니다 (문서 / 복사 및 Doc / Doc_License 참조 라이센스). 그 엠보스는 또한 GPL에서 출시되어 있으며, 포함 된 바이너리가 원본에서 수정하지 않고 포함 된 바이너리가 컴파일 되었기 때문에 소스 코드가 아슬 아슬다로 포함되어 있지 않습니다. 스플리터의 소스 코드를 원한다면 나에게 연락하거나 엠 보스 배포판에서 직접 얻으십시오. Asgard 및 asgard 및 유틸리티를 제공하는 방법에 대한 자세한 내용은 / doc 디렉토리에서 설명서 (doc / asg_manual.pdf)를 확인하십시오. : -v 프로그램 버전을 표시하고 종료합니다. -h이 도움말 메시지를 표시하고 종료합니다.이 프로그램은 긴 DNA 서열 또는 유전자 크기의 DNA 또는 단백질 시퀀스로 시작될 수 있습니다. -w 주석을 달리기위한 작은 서열이있는 경우이 옵션을 사용하십시오. 폭발을 위해 더 작은 시퀀스로 나누지 않습니다. (기본값 : 긴 시퀀스) - GFF 파일이 작성되지 않고 -G 및 -S는 무시됩니다. -b 일반 DB 만에 대한 첫 번째 폭발을하고 (대사 재건 없음); -q 파이프 라인의 두 번째 단계에서 시작합니다 (이전에 완료 한 일반 DB에 대한 BLAST); -z 파이프 라인의 마지막 단계 만 수행합니다 (두 번째, "반전"블래스트는 이미 완료되었습니다). 주석을 달기 시퀀스가있는 필수 : -i fasta 파일; -P BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN 또는 TBLASTX 중 하나를 사용할 수 있습니다 (사용할 수 있는지 모르는 경우 BLAST 문서와 상담하십시오). -d FormatDB에서 생성 할 데이터베이스 (Docs에서 생성, 대사 재구성을 위해이 데이터베이스가 이상적으로 파생 된이 데이터베이스)에 대해서는이 데이터베이스가 이상적으로 사용됩니다. * -f 파일이 BLAST 데이터베이스에 해당하는 FASTA 시퀀스가 있습니다. -l 재구성의 마지막 단계에 필요한 맵핑 파일의 위치 (-z); 옵션 : -e -e -e -e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-e-a-6); -P 작업을 스케줄링 소프트웨어 (PBS / SGE)에 제출하지 마십시오. -j 각 블래스트 검색에서 복귀 할 최대 히트 수 (10); -m BLAST 결과를위한 출력 형식 (-B, 기본값은 유효 : 기본값 : 8); -w (500 bp)를 사용하지 않는 경우 원래의 시퀀스를 끊을 크기; -n 폭발에 사용할 노드 수, 첫 번째 반복 (10); -A 각 BLAST 명령 (1)에 대해 사용할 노드 당 프로세서 수; -k 중간 파일 유지 (블래스트 데이터베이스 및 결과) 기본값은이를 삭제하는 것입니다. 공간이 많이 걸릴 수 있습니다. -b BLAST에 사용할 추가 매개 변수는 "-F F"또는 '-F F'와 같은 따옴표 (Double 또는 Single)로 둘러싸여 있어야합니다. 예를 들어, 출력이 잘못 될 것입니다.
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