 | 시스템 생물학 워크 벤치시스템 생물학 워크 벤치 (SBW)는 애플리케이션 상호 통신을위한 간단한 프레임 워크입니다. |
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시스템 생물학 워크 벤치 순위 및 요약
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시스템 생물학 워크 벤치 태그
시스템 생물학 워크 벤치 설명
시스템 생물학 워크 벤치 (SBW)는 애플리케이션 상호 통신을위한 간단한 프레임 워크입니다. 시스템 생물학 워크 벤치 (SBW)는 애플리케이션 상호 통신을위한 간단한 프레임 워크입니다. 이 프로젝트는 브로커 기반, 배포 된 메시지 전달 아키텍처를 사용하며 Java, C, C, Perl 및 Python을 포함한 많은 언어를 지원하며 Linux, OSX 및 Win32에서 실행됩니다. 정량 시스템 생물학에서 SBWRESearchers는 많은 수를 사용합니다. 모델링, 분석, 시각화 및 일반 데이터 조작을위한 다른 소프트웨어 패키지. 시스템 생물학 워크 벤치 (SBW)는 다양한 프로그래밍 언어로 작성된 이기종 애플리케이션 구성 요소를 작성하고 다른 플랫폼에서 실행중인 소프트웨어 프레임 워크입니다. 우리의 목표는 구현하고 이해하기 쉽고 이해하기 쉽고 간단하고 고성능의 오픈 소스 소프트웨어 인프라를 만드는 것이 었습니다. SBW는 간단한 네트워크 프로토콜을 통해 통신하도록 응용 프로그램 (잠재적으로 별도의 분산 컴퓨터에서 실행)을 가능하게합니다. 시스템에 대한 인터페이스는 우리가 다른 프로그래밍 언어에 대해 제공하는 클라이언트 측 라이브러리에 캡슐화되어 있습니다. 마지막 카운트는 셀룰러 네트워크를 시뮬레이션하기위한 75 개 이상의 패키지가있었습니다 (www.sbml.org 참조). 이러한 도구의 확산은 다양한 기능과 인터페이스를 가져 왔습니다. 많은면에서 환영하지만,이 증식으로 인해 두 가지 불가피한 부작용이 발생했습니다. 1. 각 도구는 모델을 저장하기 위해 종종 서류 미비로 자체 형식을 사용합니다. 그 결과 하나의 공구에 저장된 모델이 다른 도구로로드 할 수 없습니다. 이것은 분명히 한 도구에서 다른 도구로 모델 교환을 방해합니다 .2. 두 번째 문제는 많은 도구가 서로의 기능을 복제한다는 것입니다. 시뮬레이션 도구를 작성하는 것은 시간이 소요되며 많은 프로젝트가 짧은 부분이므로 저자가 도구를 매우 멀리 개발할 수 없음을 의미합니다. 결과적으로 많은 도구가 유사한 기능을 제공합니다. 다른 소프트웨어 개발 커뮤니티와 달리 시스템 생물 공동체에서는 코드 재사용 전통이 거의 없습니다. 결과적으로 커뮤니티는 많은 복제 된 노력을 보았습니다 .Model Interchange 첫 번째 문제, 모델 교환의 첫 번째 문제는 모든 도구 작성자가 고용되는 표준 형식을 도입함으로써 해결되었습니다. 이 표준은 Cellml (www.cellml.org)과 함께 시스템 생물학 마크 업 언어 (SBML)라고 불리며 표준 형식의 도입은 도구 작성자에 중요한 영향을 미치기 시작하고 현재 가장 널리 사용되는 도구의 대부분을 고용하고 있습니다. SBML은 모델을 교환하는 방법입니다. 두 번째 문제를 해결하기가 더 어렵습니다. 즉, 커뮤니티에서 코드 재사용을 장려하는 방법입니다. 이 문제를 해결하려고 시도는 시스템 생물학 워크 벤치라는 소프트웨어 프레임 워크를 개발하는 것이 었습니다. Workbench를 사용하면 다른 도구가 프로그래밍 방식의 기능을 다른 도구에 노출 할 수 있습니다. 즉, 개발자는 이제 다른 도구의 복잡한 내부 작업을 자세히 이해하지 않고도 이전 작업을 수행 할 수 있음을 의미합니다. 모든 개발자는 공구가 노출되는 인터페이스입니다. 따라서 특정 도구는 다른 시뮬레이션 도구를 발명하기보다는 다른 공구 개발자 가이 기능을 활용하고 추가 기능을 수행 할 수있는 새로운 도구를 개발할 수있는 다른 공구 개발자 인 특정 공구가 시뮬레이션 도구로부터 시간 종속 시뮬레이션 인터페이스를 노출시킬 수 있습니다. 두 번째 개발자의 작업 부하가 크게 줄어들고 대신 새로운 기능에 집중할 수 있습니다.이 작업은 현재 DARPA와 DOE의 관대 한 지원을 통해 현재 지원됩니다.
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