사전 단백질 잔류 물 주석 툴킷
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빌더 모델 단백질 시퀀스 SVM. SVM 모델 아미노산 잔류 물

사전 설명

단백질 잔류 물 주석 툴킷 PROSAT는 사용자 제공되는 기능 (PSI-BLAST 프로파일 또는 PSIPRED 프로파일과 같은)을 사용하여 단백질 시퀀스에서 아미노산 잔기를 주석 처리하는 SVM 기반 모델을 구축 할 수있는 프로그램 세트입니다. 특히, 툴킷은 잔류 물 주변의 창을 사용하여 기능을 구축하며 표준 SVM 커널 기능과 함께 전문 커널 기능 (정규화 된 2 차 지수 커널 기능 NSERE)이 장착되어 있습니다. * PROSAT_Learn은 n "one-vers-rest 분류 모델을 배우는 프로그램이며, 여기서 n은 가능한 주석 수입니다. 또한 부동 소수점 값을 예측하기 위해 지원 벡터 회귀 모델을 배울 수 있습니다. * PROSAT_PREDICT는 내장 된 모델에서 각 잔여 물의 주석을 예측하고 L XN 치수 프로파일을 출력하여 각 아미노산 잔기에 대한 N 개의 N 개의 1 대 나머지 SVM 모델의 각각의 점수를 출력하고 L은 길이입니다. 단백질 서열의 회귀 모델의 경우 n = 1 * PROSAT_EVAL은 커널, 창 길이 및 정규화 매개 변수와 같은 다양한 매개 변수를 평가하는 프로그램입니다. PROSAT_EVAL은 자동으로 교차 유효성 검사를 수행하고 표준 분류 및 회귀 성능을보고합니다. Perl Script CV_Script.pl을 사용하여 모델 선택을 자동으로 수행하고 문제에 가장 적합한 분류 또는 회귀 모델을 교육합니다.

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