바이오 :: DAS.

분산 주석 시스템 인터페이스
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바이오 :: DAS. 순위 및 요약

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  • Lincoln D. Stein
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  • http://search.cpan.org/~lds/

바이오 :: DAS. 태그


바이오 :: DAS. 설명

분산 주석 시스템에 대한 인터페이스 BIO :: DAS는 DAS (Distributed Annotation System) 형식 버전 1.5에서 데이터를 내보내는 게놈 시퀀싱 및 주석 데이터베이스에 대한 액세스를 제공하는 Perl 모듈입니다. 이 시스템은 http://biodas.org에서 설명합니다. 암호화되지 않은 (http :) 및 SSL 암호화 된 (https :) DAS 서버가 모두 지원됩니다. (SSL을 실행하려면 io :: socket :: ssl 및 net :: ssleay가 설치되어 있어야합니다. 식 노프가 바이오 :: DAS; # serial api my $ das = bio :: das-> new (-source => http://www.wormbase.org/db/das ', -dsn =>'elegans ', -Aggregators => ); 내 $ segment = $ das-> 세그먼트 ( 'chr1'); 내 @features = $ segment-> 기능; 내 $ dna = $ segment-> DNA; # 병렬 API # 5 초의 시간 초과 함께 새로운 DAS 에이전트를 만듭니다. My $ DAS = BIO :: DAS-> NEW (5); # 웜베이스에서의 기능을 가져 오는 Wormbase i @request = $ das-> 기능 (-dsn => : //dev.wormbase.org/db/das/elegans ',], -segment => ); $ request (@Request) {if ($ Request-> is_success) {인쇄 " ", $ Request-> DSN"의 응답 " "; 내 $ 결과 = $ 요청 -> 결과; 내 $ 세그먼트 (키 % $ 결과) {my @features = @ {$ 결과 -> {$ segment}}; 인쇄" ", 가입 ', $ segment, @특징," ";}} else {reerror warn $ request-> dsn,": ":": $ request-> 오류 " ";}} # 똑같은 일이지만 콜백을 사용하십시오 : $ das-> 기능 (-dsn => http://www.wormbase.org/db/das/elegans ','http : //ev.wormbase .org / db / das / elegans ', -segment => , -callback => sub {My $ feature = shift; 내 $ segment = $ 기능 -> 세그먼트; My ($ start, $ end) = ($ feature-> start, $ feature-> end); "$ segment => $ feature ($ start, $ end) 인쇄 ";}); 요구 사항 : · Perl.


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