바이오 :: 도구 :: ipcress.

BIO :: 도구 :: iPCress는 iPress 출력을 구문 분석하고 기능을 만들 수있는 Perl 모듈입니다.
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바이오 :: 도구 :: ipcress. 순위 및 요약

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바이오 :: 도구 :: ipcress. 태그


바이오 :: 도구 :: ipcress. 설명

Bio :: Tools :: iPcress는 iPress 출력을 구문 분석하고 기능을 만들 수있는 Perl 모듈입니다. Bio :: Tools :: iPcress는 iPress 출력을 구문 분석 할 수있는 Perl 모듈입니다. Ispress 데이터가 이미 Seq1.IPCress #에서 ipcress 데이터가 이미 생성되고 시퀀스 데이터가 FASTA 형식으로 가정하는 iPCress 데이터 #에 대한 간단한 주석 파이프 라인 래퍼입니다. seq1.fa라는 파일에서 bio :: 도구 :: ipcress; 바이오 :: Seqio; MY $ PARSER = NEW BIO :: TOOLS :: iPCRESS (-file => seq1.ipcress '); MY $ SEQIO = NEW BIO :: SEQIO (- FORFAT => 'FASTA', -FILE => 'SEQ1.FA'); 내 $ seq = $ seqio-> next_seq || 다이 ( "seqio에서 seq 객체를 얻을 수 없음"); while (my $ feat = $ parser-> next_feature) {# 시퀀스 $ seq-> add_seqfeature ($ feat)에 ipcress 주석을 추가하십시오. } My $ Seqout = New Bio :: Seqio (- format => embl '); $ seqout-> write_seq ($ seq);이 객체는 iPcress 데이터의 파서 역할을 수행하여 각 iPcress 히트에 대한 바이오 :: Seqfeaturei를 만듭니다. 이들은 자동화 된 주석을 위해 기존의 바이오 :: SEQI 객체에 대한 주석으로 처리되거나 추가 될 수 있습니다.이 모듈은 Jason Stajich (jason-at-bioperl.org) 작성된 바이오 :: 도구 :: epcr 모듈에서 적용됩니다. .IPCRESS 가이 슬레이터의 외설 패키지 http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/ 요구 사항 : · Perl.


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