바이오 :: 넥서스 :: 나무 블록 BIO :: NEXUS :: TREESBLOCK은 NEXUS 파일의 트리 블록을 나타내는 PERL 모듈입니다.
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Bio :: Nexus :: TreesBlock은 Nexus 파일의 트리 블록을 나타내는 Perl 모듈입니다. BIO :: NEXUS :: TREESBLOCK은 NEXUS FILE의 트리 블록을 나타내는 Perl 모듈입니다. ($ type = ~ / trees / i) {$ block_object = new bio :: nexus :: treesBlock ($ block_type, $ 블록 , $ verbose); } Nexus 블록이 트리 블록 인 경우이 모듈은 트리 데이터를 구문 분석하고 Tree Data.MethodsNew 제목을 저장합니다. 새 사용법 : block_object = new bio :: nexus :: TreesBlock ($ block_type, $ 명령, $ verbose); 기능 : 새 BIO :: NEXUS :: TREESBLOCK 개체를 작성하고 파일을 자동으로 읽습니다. BIO :: NEXUS :: TREESBLOCK OBJECT ARGS : PARSE (ARARY REF) 및 자세한 플래그에 대한 명령 / 의견, (0 또는 1; 선택 사항) 복제 제목 : 복제 사용 : 내 $ NewBlock = $ 블록 -> clone (); 함수 : 블록 오브젝트 (얕은) 반환 값 : 블록 오브젝트 args : noneset_trees 제목 : set_trees 사용 : $ block-> set_trees ($ trees); 기능 : 트리 목록 (bio :: nexus :: tree objects) 반환 값 : 없음 args : bio :: nexus :: tree objectsadd_tree title : add_tree 사용법 : $ block-> add_tree ($ tree); 기능 : 트리 추가 (bio :: nexus :: tree object) 없음 : 없음 args : bio :: nexus :: tree objectadd_tree_from_newick 제목 : add_tree_from_newick 사용법 : $ block-> add_tree_from_newick ($ newick_tree, $ tree_name); 함수 : 트리 추가 (BIO :: NEXUS :: TREA) 없음 args : Newick 형식의 트리 문자열 및 트리 (스칼라)의 이름 (스칼라) get_trees 제목 : get_trees 사용 : $ block-> get_trees (); 기능 : 트리 목록 (BIO :: NEXUS :: TREE 객체)을 반환하고 반환 값을 반환합니다. BIO :: NEXUS :: TREE 객체의 배열을 반환합니다. arganget_tree title : get_tree 사용법 : $ block-> get_tree ($ treename ); 기능 : $ treeename이 지정되지 않은 경우 주어지는 이름이나 첫 번째 트리와 일치하는 첫 번째 트리 (BIO :: NEXUS :: TREE 객체)를 가져옵니다. 트리가 일치하지 않으면 Undef를 반환합니다. 반환 값 : bio :: nexus :: tree object args : 트리 이름 또는 noneset_translate 제목 : set_translate 사용 : $ block-> set_translate ($ translate); 기능 : 노드 이름에 대한 번역 해시를 설정합니다. none args : 해시의 해시 TranslateStranslate 제목 : 번역 사용 : $ self-> 번역 ($ num); 기능 : 숫자를 연관된 이름으로 변환합니다. 반환 값 : 정수 또는 문자열 args : Integer 메소드 : 해당 번호의 번역 된 이름과 관련된 이름을 리턴합니다. 연결을 찾을 수없는 경우 number.reroot_tree 제목 : REROOT_TREE 사용법 : $ block-> REROOT_TREE ($ outgroup, $ root_position, $ treename); 기능 : OTU를 새 outgroup으로 사용하여 트리를 다시 실행하십시오. 반환 값 : 없음 args : outgroup 이름, 루트 위치 및 트리 이전의 거리 제목 : REROOT_ALL_TREES 사용법 : $ 블록 -> REROOT_ALL_TREES ($ outgroup, $ root_position); 기능 : 나무 블록 트리의 모든 나무를 다시 루트합니다. OTU를 새 outgroup 반환 값 : 없음 args : outgroup name 및 root 위치 rename_otus 제목 : rename_otus 사용 : $ block-> rename_otus (% translation); 기능 : 번역 해시를 기반으로 노드의 이름을 변경합니다. none args : 번역이 포함 된 해시 (예 : {old_name => new_name}) 댓글 : 번역에 포함되지 않은 노드는 UnfectedSelect_otus 이름입니다. select_otus 사용 : $ nexus-> select_otus (@otunames) ); 기능 : OTUS 리턴의 하위 집합을 선택하십시오. 새 Nexus 오브젝트 args : OTU namesselect_tree 이름의 배열을 수행합니다. select_tree 사용법 : $ nexus-> select_tree ($ treename); 기능 : 트리 반환 값 : 새 Nexus 오브젝트 args : 트리 NameElect_Subtree 이름 : select_subtree 사용법 : $ nexus-> select_subtree ($ inodeName); 기능 : 하위 트리 리턴을 선택하십시오. 새 Nexus 오브젝트 args : 하위 트리를 선택하는 내부 노드 이름 : exclude_subtree 사용법 : $ nexus-> exclude_subtree ($ inodeName); 기능 : 하위 트리 리턴을 제거하십시오. 새 넥서스 오브젝트 args : respressequals라는 하위 트리의 내부 노드 이름 : equals 사용 : $ nexus-> ($ $); 기능 : 두 개의 넥서스 오브젝트가 동일한 반환 값 인 경우 비교 : 부울 args : nexus 객체 요구 사항 : · Perl.

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