나트륨 나트륨 그것은 생물학적 거대 분자 주위에 이온을 배열합니다.
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이온 장관 나트륨

나트륨 설명

나트륨 그것은 생물학적 거대 분자 주변에 이온을 배열합니다. 이 프로그램은 생물학적 거대 분자 (단백질, DNA, 단백질 / DNA 복합체)의 원자, 예를 들어, 전세 전하의 시스템 주위에 필요한 수의 나트륨 이온을 배치합니다. 이온은 큐빅 그리드의 노드에 배치됩니다. 정전기 에너지는 가장 작은 값을 달성합니다. 에너지는 각 이온의 배치 후에 재 계산됩니다. 간단한 쿨롱 공식은 에너지에 사용됩니다 : 에너지 (R) = 합 (i_atoms, 이온) Q_I / | R-R_I | 모든 상수 가이 공식에서 빠져 나가면 이상한 에너지 단위가 발생합니다. 그것은 에너지 비교의 목적을 위해 중요하지 않습니다. 프로그램을 높이려면 거대 분자의 원자가 원래 위치에 가장 가까운 그리드 노드에 다시 위치됩니다. 결과 오류는 원형 이온 배치로 인한 결과와 비교하여 사소한 것으로 믿어 지거나, 단순화 된 에너지 기능 사용으로부터. 배치 된 이온의 좌표는 추가 사용을 위해 PDB 형식으로 인쇄됩니다. 배치 된 이온이 별도의 몬테 카를로 또는 분자 역학 시뮬레이션에서 평형화되는 것이 좋습니다. 프로그램에 대한 사소한 수정은 다른 요금의 다가 이온의 모든 조합을 배치 할 수 있도록해야합니다.

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